Assasin´s Creed Shadows spielt in den Jahr 1579 in Japan. Die Geschichte dreht sich um Naoe und Yasuke, die zusammen den Orden der Assassinen gründet und gegen die Templer in Japan vorgehen.
Naoe lebt in der Provinz Iga und wurde dort von ihren Vater Nagato zu einer Shinobi ausgebildet.
Als ihr Vater von den Wahren Bakufu (Templerorden) ermordet wird, schwört sie das sie ihn rächen wird.
Yasuke ist ein Samurai, der den Fürsten Oda Nobunaga dient, nach seinen Tod schließt er sich Naoe an und jagt mit ihr den Templerorden.
